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レイトン教授

  • 本名エルシャール・レイトン。考古学者として有名であり、不思議研究の第一人者でもある。
    シルクハットの英国紳士で、新聞にも取り上げられるほどの有名人。
    冷静で紳士的かつ大胆な行動もできる男。フェンシングの腕もなかなか。
  • 今作で遂に、帽子の中身が明らかに…!!

ルーク少年

  • 自称、レイトン教授の助手。頭を使うことが大好きなナゾ好きの少年。レイトンについて回りナゾを追いかけている。
    無類の動物好きで動物の言葉を話すことが出来る。本名はルーク・トライトン。設定は13才となっている。

青年ルーク

  • 10年後の未来世界からレイトンに助けを求めた。大人になったからなのか、動物と話すことはできないらしい。

ドン・ポール

  • レイトン教授をライバル視する変装の名人にして天才科学者。不思議の町ではチェルミー警部に、悪魔の箱ではアロマに変装していた。
  • 今作でも登場するが、意外な人物に変装している。またレイトン教授をライバル視する理由が明かされる。
  • アロマのことはお気に入りなのか「アロマちゃん」と呼んでいる

チェルミー警部

  • ロンドン警視庁の敏腕警部。ロンドンの犯罪者からおそれられている。
    ビル首相の行方を追い、レイトン達と未来世界へ行くが…。

バートン

  • チェルミー警部の助手。いつもまじめで、おどおどしている。

アンドルー・シュレーダー博士

  • 真っ白いヒゲが特徴の老紳士。変わり者で、レイトンの恩師でもある。
    未来世界では年なのか、入院している。

ヒゲマフラー

  • 物語にかかわることは殆どないが、シリーズ通して登場しているキャラクター
    どこから来て、どこへ行くのかヒゲマフラー。
    今作ではえらく扱いがひどい。

ポーロ

  • ヒゲマフラー同様本編にかかわらないがシリーズ通して登場しているキャラクター
    脅威の方向感覚でレイトン教授達の行く手に現れる(要するに道に迷っている)。
  • 本編に絡まない彼だが、彼との会話はレイトン教授の推理に役立った。

アロマ

  • 第1作「レイトン教授と不思議な町」に登場したヒロイン。不思議な町の大富豪の娘。
    現在花嫁修業中だが、料理の腕は…。
    第1作では最重要人物だったため、前作では摩り替っていた為出番が少なかったが、今作ではレイトン達と共に行動するため出番多め。
  • やや天然でマイペースなところがある。

ナゾーバ

  • ナゾを集めているおばあさん。レイトンたちが取り忘れたナゾをなぜかもっている。
    今作では残留思念が登場するが…どうやら生きているらしい。

クレア

  • レイトン教授の元恋人。実験中の事故により死亡している。

サリアス

  • クレアの妹。姉の死因を調べるために未来世界を調べて回っている。 でも本当は…                                   

ナゾービー

  • 関西弁を操るハチ(訛りがあるしゃべり方と思われる)。未来世界の1年前に何かがあり、そこからナゾを集めるようになったらしいが…。
    • ナゾリーヌに叩き潰された上に何度も叩かれている。合掌(でもEDで出てきているので多分生きてる)

ナゾリーヌ

  • ナゾーバの孫。虫が嫌いでナゾービーを蝿タタキで叩き潰した。よろしくリ〜ヌ、ぴょ〜ん♪ ぴょん♪
    • もうやめて!ナゾービーのライフは0よ!
    • 後半彼女がナゾービーの代わりに見逃したナゾの管理をしてくれる。

3号

  • ガラの悪いウサギ。動物実験の犠牲者だったため、人間を憎んでいる。

ボストロ

  • マフィアのボス的存在。ゴリラのような見た目で、難しいことを考えるのは、苦手。